一、經典放射性EMSA技術

EMSA （Electrophoretic Mobility Shift Assay, 凝膠遷移或電泳遷移率實驗）是一種研究核酸（DNA/RNA）結合蛋白活性的經典技術， 可用于定性和定量分析。這一技術最初用于研究DNA結合蛋白，目前已用于研究RNA結合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。 通常將純化蛋白或細胞粗提液和P32同位素標記的DNA或RNA探針一同保溫，在非變性的聚丙烯凝膠電泳上， 分離復合物和非結合的探針。DNA-復合物或RNA-復合物比非結合的探針移動得慢。同位素標記的探針依研究的結合蛋白的不同， 可是雙鏈或者是單鏈。當檢測 如轉錄調控因子一類的DNA結合蛋白，可用純化蛋白，部分純化蛋白，或核細胞抽提液。在檢測RNA結合蛋白時， 依據目的RNA結合蛋白的位置，可用純化或部分純化的蛋白，也可用核或胞質細胞抽提液。競爭實驗中采用含蛋白結合序列的DNA或 RNA片段和寡核苷酸片段（特異）， 和其它非相關的片段（非特異），來確定DNA或RNA結合蛋白的特異性。在競爭的特異和非特異片段的存在下，依據復合物的特點和強度來確定特異結合。

EMSA原理如右邊示意圖：

二、非放射性EMSA（Non-radioactive EMSA）技術

由于放射性同位素在使用、存放與操作上的問題，非放射性EMSA得到了廣泛運用。隨著檢測技術的不斷進步， 非放射性EMSA的檢測靈敏度已經超過了放射性EMSA；放射性EMSA需要對感光膠片曝光1-2天才能夠看到清晰圖像，而ECL EMSA 或近紅外熒光EMSA都能夠在1-3分鐘獲得結果。

非放射性EMSA的工作原理與放射性EMSA相同，但所用DNA/RNA探針的特性有很大不同，操作步驟有很大區別。

1）非放射性標記探針需要仔細設計與制作 P32放射性同位素用于標記的探針時，是代替核酸中的P31，兩者的差別只有一個電子。放射性探針對核酸的影響微乎其微。 非放射性EMSA有采用對非標記探針進行染色的技術，如Invitrogen的。但因其靈敏度低而且還只能用于純化的樣品， 實驗受限。常用的非放射性EMSA常用生物素，地高辛或熒光素標記的探針。這些標記會對探針產生較大影響，而致EMSA測定失敗（見非放射性探針問題）。

2）非放射性EMSA與放射性EMSA操作有很大不同。EMSA的成功與很多因素有關，任何一個環節出錯都可以導致實驗失敗（請見EMSA常見問題與解決措施）

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